Logiciel de facturation compatible avec votre expert-comptable : lequel choisir en 2026 ?

Le calendrier à expliquer à chaque client

Depuis le 1er septembre 2026, toute entreprise assujettie à la TVA établie en France doit pouvoir recevoir les factures électroniques que ses fournisseurs sont tenus d’émettre. Les grandes entreprises et les ETI émettent déjà sous ce format ; les PME, TPE et micro-entreprises devront émettre à partir du 1er septembre 2027. La première tâche du cabinet consiste à vérifier que chaque client dispose d’une plateforme de réception activée, y compris les micro-entreprises en franchise, qui restent assujetties.

Le 1er septembre 2026, le ministère a annoncé qu’aucune sanction ne serait appliquée aux retardataires pendant le démarrage, jusqu’en 2027. Les barèmes restent inscrits dans le code général des impôts : 50 € par facture non émise électroniquement quand elle doit l’être, dans la limite de 15 000 € par an, et 500 € par transmission d’e-reporting manquante. Les fréquences d’e-reporting dépendent du régime de TVA, et le régime simplifié évolue au 1er janvier 2027 : un calendrier établi en 2026 ne doit pas être reconduit sans vérification.

Choisir ou recommander : plateforme agréée directe ou logiciel relié

Les sept solutions du tableau sont elles-mêmes des plateformes agréées, en immatriculation définitive au registre de la DGFiP. D’autres logiciels s’appuient sur une plateforme tierce pour les flux réglementaires : Obat, par exemple, documente son raccordement à Iopole. Les deux montages sont conformes si les flux sont activés dans l’offre du client ; l’absence d’une marque dans le registre ne suffit pas à conclure à une incompatibilité.

Recommander un outil engage la parole du cabinet. Vérifiez le statut de la plateforme dans le registre à la date de la recommandation et conservez la source, puis distinguez l’immatriculation de l’opérateur des fonctions réellement comprises dans l’abonnement du client : réception, émission, e-reporting et conservation des documents ne sont pas toujours décrits explicitement dans une formule de facturation.

Accès collaborateur et dossiers multiples

Les éditeurs documentent l’accès du cabinet de façons très différentes. Tiime ouvre un accès gratuit au comptable dès l’offre Free, limité aux données de facturation électronique, puis ajoute transactions et justificatifs dans Smart. Pennylane est un outil de production comptable : lorsque le cabinet y travaille, il partage le dossier du client. Qonto propose un accès comptable et des exports, réservés dans l’offre gratuite aux clients Regate by Qonto. Axonaut fournit une pré-comptabilité et des exports. Chez Odoo, l’accès est un accès utilisateur limité aux applications de l’offre. Chez Indy, le compte est personnel et l’accès d’un expert-comptable partenaire passe par une option payante. Dougs se place autrement : il est lui-même le cabinet, et l’accès d’un cabinet extérieur à sa facturation gratuite n’est pas documenté.

Aucune de nos fiches ne documente une console cabinet regroupant tous les dossiers clients, ni son prix. Posez la question à l’éditeur, demandez une démonstration avec plusieurs dossiers fictifs et vérifiez si l’accès collaborateur est nominatif, partagé ou facturé par dossier. Un accès au logiciel n’inclut jamais les honoraires du cabinet.

Quand le cabinet fournit lui-même la facturation

Dougs inverse la question du guide : au lieu de choisir un logiciel que votre cabinet pourra exploiter, vous choisissez un cabinet d’expertise comptable en ligne, inscrit au tableau de l’Ordre des experts-comptables, qui fournit son propre logiciel de facturation. La facturation électronique y est gratuite, sans limite de volume ni obligation d’achat, avec une plateforme agréée intégrée (émission et réception au format Factur-X) et la gestion de l’e-reporting. Selon sa page, l’envoi des factures se fait par e-mail en un clic, puis via sa plateforme agréée dès septembre 2027.

La tenue des comptes relève de packs payants, sans engagement, avec un essai gratuit de 30 jours : Liberté dès 79 € HT par mois (bilan attesté par un expert-comptable, suivi et préparation des déclarations de TVA et de CFE, conseil illimité), Sérénité dès 99 € (télédéclaration en un clic, PV d’AGOA et dépôt des comptes inclus, frais de greffe compris) et Exclusivité dès 129 € (comptable dédié, accès direct à son agenda, bilan prioritaire) ; les professions libérales et BNC ont un pack Essentiel à 49 € HT par mois. Tous les packs incluent la synchronisation bancaire, la catégorisation automatique, la détection de la TVA, les notes de frais et un support par chat, e-mail et téléphone. Le nombre d’utilisateurs n’est pas documenté, et cette option ne s’applique pas si vous gardez votre cabinet actuel.

Exports comptables, FEC et intégrations

Dans notre panel, seul Obat documente explicitement des exports CSV, XLSX et FEC ainsi que des connexions avec plusieurs outils de cabinet ; il reste réservé aux métiers du bâtiment. Axonaut et Qonto fournissent une pré-comptabilité et des exports dont le format précis n’est pas décrit dans nos fiches. Pennylane est lui-même un environnement de production comptable, et Odoo tient une comptabilité complète localisée pour la France. Indy automatise la comptabilité et certaines déclarations pour les activités éligibles.

Avant de généraliser un outil à plusieurs clients, testez l’export d’un dossier fictif dans votre logiciel de production : journaux, comptes, TVA et pièces jointes. Disposer d’un export ne garantit pas un import complet, et une connexion annoncée doit être confirmée avec les versions utilisées et son coût éventuel. Si vous envisagez de relier une gestion commerciale et une plateforme comptable, faites confirmer les flux synchronisés avant de compter sur cette connexion.

Accompagner les micro et TPE clientes

Pour un micro-entrepreneur ou un indépendant, quatre offres gratuites couvrent l’émission et la réception sans limite de volume : Tiime Free, Indy Essentiel, Qonto Facturation et l’application Facturation d’Odoo. Pennylane Free est réservé aux micro-entreprises sans TVA, pour un utilisateur et jusqu’à 1 200 factures par an. Aucune de ces offres ne comprend la réalisation des déclarations par un cabinet ; elles servent à produire et partager les données.

Pour une TPE, comparez l’offre nécessaire au même nombre d’accès. Tiime Smart est affiché à 17,99 € HT par mois en annuel pour 0 à 1 salarié, 29,99 € de 2 à 5 et 49,99 € de 6 à 20. Les paliers TPE de Pennylane comprennent deux utilisateurs gestion, de 29 € à 149 €. Qonto Essential ouvre les rôles d’équipe à 49 € en annuel. Axonaut propose une offre unique à 97 € sans engagement, ou 58,20 € en annuel, plus 29,99 € par accès supplémentaire (soit 17,99 € avec l’engagement d’un an, en appliquant la même remise de 40 %) ; Odoo est tarifé par utilisateur au-delà de l’application gratuite. Notre simulateur chiffre douze mois selon le statut et les besoins du client.

Trois avantages lecteurs vérifiés existent : via notre lien partenaire, Indy offre le premier mois de sa version payante, sans engagement, appliqué automatiquement par le lien, sans code à saisir ; Axonaut offre un mois aux nouveaux clients inscrits via notre lien partenaire, après le premier achat, appliqué automatiquement par le lien ; Tiime offre un mois sur Smart et Business avec le code FACTUREMATCH3, à saisir par le lecteur, valable jusqu’au 30 septembre 2027. Aucun de ces avantages n’ajoute de point à la note et ils n’ont aucun effet sur le classement. Aucune offre réservée aux cabinets ne figure dans nos données.

Réception des factures, répartition des tâches et honoraires

Depuis septembre 2026, chaque client assujetti doit disposer d’une plateforme de réception. Le cabinet peut aider à la choisir et à l’activer, mais les factures reçues restent celles du client : définissez par écrit qui consulte la réception, qui rapproche les factures fournisseurs, qui traite les données d’e-reporting et qui documente un incident. Si le cabinet se voit confier des démarches au nom du client, formalisez ce mandat avec lui ; nos sources ne décrivent pas de procédure propre aux plateformes sur ce point.

Séparez ensuite trois coûts : l’abonnement du client, l’accès éventuel du cabinet au logiciel et les honoraires. Un abonnement dirigeant ne donne pas automatiquement accès à tous les outils de production comptable. Prévoyez enfin la sortie : le client doit pouvoir récupérer clients, factures et pièces s’il change d’outil ou de cabinet, et un export ne garantit pas une reprise complète de l’historique ailleurs.